Ở trần vui đạo hãy tùy duyên

Đói đến thì ăn, nhọc ngủ liền.

Trong nhà có báu thôi tìm kiếm,

Đối cảnh không tâm, chớ bói thiền.

(Thích Thanh Từ dịch)

Sơ tổ Trúc Lâm quả thật là tấm gương sáng ngời đạo hạnh của bậc hiền nhân. Sau khi hoàn thành sứ mạng của một vị anh quân, Ngài đã trở thành vị Thiền sư thanh tịnh, đồng thời là một bậc cao tăng uyên thâm giáo lý. Với châm ngôn"Thiền Giáo song hành", Ngài truyền đệ tử là Pháp Loa, Nhị Tổ Trúc Lâm, tiến hành việc khắc ấn bản Đại Tạng kinh kéo dài suốt 24 năm ròng (1295 - 1319) dưới sự bảo trợ của vua Trần Anh Tông và sự ủng hộ nhiệt tình của mọi tầng lớp Tăng sĩ, Phật tử. Đây là công tác vĩ đại nhất được chư Tổ Thiền tông đời Trần thực hiện với hơn 5000 ấn bản Đại Tạng được lưu giữ tại chùa Quỳnh Lâm.

Kế tiếp Nhị Tổ Pháp Loa là Thiền sư Huyền Quang, hợp thành Trúc Lâm Tam Tổ, biểu tượng của thời Phật giáo cực thịnh trên đất Việt. Thiền sư Huyền Quang là một bậc cao tăng, cũng là bậc thi hào đã lui về ẩn dật tại núi Côn Sơn sau hơn 20 năm vừa phụng sự triều đình vừa phụ tá Sơ Tổ Trúc Lâm trên đường hành đạo và soạn kinh sách dạy học về Thiền tông Việt Nam. Sồng giữa dòng thiên nhiên, Ngài cảm nhận tâm trạng thanh thản của một người thực sự hòa mình vào vạn vật làm một, đi đứng nằm ngồi, giờ phút nào cũng an nhiên tự tại, nên đã sáng tác những vần thơ tuyệt diệu như trong bài Vịnh cúc hoa: 

Vịnh cúc hoa

Hoa tại trung đình, nhân tại lâu

Phần hương độc tọa tự vong âu

Chủ nhân dữ vật hồn vô cạnh

Nghĩa là:

Người ở trên lầu, hoa dưới sân

Vô tư ngồi ngắm khói trầm xông

Hồn nhiên người với hoa vô biệt

Một đóa hoa vừa mới nở tung

(Nguyễn Lang dịch)

Đời sống hằng ngày của một hành giả hướng đến thanh tịnh bản tâm theo Thiền phái Trúc Lâm đã được qui định điều hòa bằng nghi thức "Lục thời sám hối" do vua Trần Thái Tông biên soạn. Đây là nghi thức sám hối đặc biệt Việt Nam gồm sáu phần sám hối trong ngày với mục đích thanh lọc nội tâm, khác với nghi thức sám hối của Phật giáo Trung Hoa nhằm cầu xin xá tội cho bản thân cùng người khác. Từ sáng tinh sương, vị hành giả Thiền tông bắt đầu một ngày an lành bằng các bài kệ tụng đơn giản hỗ trợ cho việc tinh cần tụ tập thân tâm như sau: 

Bài kệ dâng hương

Ngào ngạt trầm hương rừng Chánh Định

Chiên đàn vườn Tuệ đã vun trồng

Giới đao đẽo gọt nên hình núi

Đốt tại lò tâm để hiến dâng.

Bài kệ dâng hoa

Hoa nở sáng ngời trên đất Tâm

Hoa tiên rải xuống chẳng thơm bằng

Hái dâng từng đóa lên chư Phật

Gió nghiệp muôn đời thổi chẳng rung.

Đây là phương pháp thực tiễn tu tập Tam Học Pháp : Giới - Định - Tuệ, rất phù hợp giáo lý nguyên thủy thời đức Phật, đã được Thiền tông thời cực thịnh của Phật giáo Việt Nam triều Trần ứng dụng hàng ngày, nay lại được Thiền phái Trúc Lâm do Hòa thượng Viện chủ Thích Thanh Từ khởi xướng khôi phục và duy trì những đặc điểm của Thiền tông Việt Nam, đem lại niềm tự hào dân tộc cho người Phật tử Việt Nam.

Để phương pháp tu học trên đạt được nhiều hiệu quả, Hòa thượng Viện chủ thường khích lệ các thiền sinh ứng dụng nguyên tắc "lục hòa " trong cuộc sống phạm hạnh : thân hòa đồng trú, khẩu hòa vô tránh, ý hòa đồng duyệt, giới hòa đồng tu, kiến hòa đồng giải, lợi hòa đồng quân. Theo tinh thần Trúc Lâm Đầu Đà, các thiền sinh phải nỗ lực rèn luyện ba đức tính : tinh cần tu tập hường đến giác ngộ giải thoát, kiên quyết vượt mọi khó khăn chướng ngại, và thiển dục tri túc sống đời đạm bạc không thụ hưởng mọi xa hoa.

Về mặt tổ chức, ban lãnh đạo Viện gồm có: Viện trưởng, Phó Viện trưởng, Thủ bổn (Thủ quỹ), Thư ký và Ban chức sự gồm Quản chúng, Tri sự, Tri khách, Tri khố, Hương đăng, Trưởng ban vườn, trưởng ban rẫy và Ban khám bệnh.

Ni chúng cũng có một Ban chức sự như tăng chúng.

Viện trưởng hiện nay : Hòa thượng Thích Thanh Từ; Phó Viện trưởng: Thương tọa Thích Nhật Quang ; Quản chúng Tăng : Thượng tọa Thích Thông Phương ; Quản chúng Ni : Ni sư Thích nữ Như Tâm.